可是即使經(jīng)過(guò)這樣的分析過(guò)程，仍然可能出現(xiàn)錯(cuò)誤判斷的情況。不同工廠所用到的原材料種類繁多，實(shí)驗(yàn)室不可能針對(duì)每種材料采用不同的分離條件去分析，而且由于質(zhì)譜級(jí)別色譜柱型號(hào)數(shù)量的限制，通常情況下實(shí)驗(yàn)室多采用同一根色譜柱進(jìn)行分離，這樣不可避免地會(huì)對(duì)某些物質(zhì)分離不完全或不能分離，從而造成譜圖解析的錯(cuò)誤。譬如在HP-5ms色譜柱上，對(duì)二甲苯和間二甲苯的保留時(shí)間完全相同，即使有質(zhì)譜做工具也無(wú)法辨認(rèn)。而對(duì)于受到干擾不能完全分離的物質(zhì)，必然會(huì)造成匹配度的降低，容易造成誤判。