土壤微生物組是陸地生態(tài)系統(tǒng)植物多樣性和生產(chǎn)力的重要驅動者，直接參與了植物獲得養(yǎng)分和土壤養(yǎng)分循環(huán)兩個過程。共生固氮菌、菌根真菌和根際促生菌能夠直接增強植物獲得養(yǎng)分的能力。同時，土壤微生物能夠影響土壤養(yǎng)分循環(huán)過程，提高土壤養(yǎng)分的生物有效性，增加養(yǎng)分損失，間接改變植物養(yǎng)分的獲得量。雖然不少研究證明地下微生物在促進地上植物生長方面的顯著效果，但是由于理論和技術手段的限制，這一效果至今尚未在農(nóng)業(yè)上得以廣泛應用。